很多人担心试管婴儿生的孩子有先天缺陷，其实这个担心是多余的。试管婴儿的孩子不仅不会比自然生产的宝宝身体差，反而经过染色体鉴定后的宝宝可以筛选掉很多基因缺陷。
试管婴儿是通过手术将卵子从体内取出，在实验室中让卵子和精子结合培育后再放入子宫的过程，整个流程不会改变卵子或精子或胚胎。 即使进行染色体鉴定过程提取胚胎的细胞下来，也只是提取分裂出来的细胞不会影响胚胎的健康，更不会让宝宝缺胳膊少腿。
但是试管婴儿与前段时间被炒的基因编辑有本质的区别。 基因编辑是对胚胎的基因进行触动，被指责“玩弄上帝”，更改人类上千万年来进化的基因组。如果上帝是个程序猿，基因就是编辑人类这个程序的代码。 基因编辑相当于改变这个人类的代码。另外基因编辑可能在修改某些致病基因同时导致连锁反应引起一些无法预测的灾难。
试管婴儿以及胚胎移植前基因鉴定（PGD)和基因编辑不同，PGD只是鉴定胚胎的染色体和基因情况，但是不会改变染色体或基因。可是基因编辑是刻意的去修改染色体上的基因，是有很大的潜在风险。
